Вам необходимо привязать MySQL к IP-адресу сервера, на котором он работает. Измените конфигурацию (my.cnf), где написано:
bind = 127.0.0.1
на правильный IP. Не забудьте перезапустить демон MySQL после этого.
Редактировать: Может быть, я вас неправильно понял. Итак, вторая попытка:
Если вы просто хотите запустить SQL-файлы на сервере, к которому у вас есть доступ по SSH, вы можете запустить их, выполнив:
ssh user@server 'cat yourfile.sql|mysql -u user -pPassword --database=dbname'
Надеюсь, это поможет.
С наилучшими пожеланиями,
Fabian