Я знаю, что это древний вопрос, но, по крайней мере, здесь есть ответ. Я также не смог найти флаг в mysqldump для удаления условных комментариев, или, действительно, лучший вариант установить минимальную версию mysql для отображения этих комментариев. Если вы просто хотите уничтожить их всех, вы можете сделать это, используя grep или sed (sed оставляет пустые строки, grep - нет):
mysqldump ... | grep -v '^\/\*![0-9]\{5\}.*\/;$'
mysqldump ... | sed -e 's/^\/\*![0-9]\{5\}.*\/;$//g'
Чтобы ответить на мое собственное желание условно удалить комментарии, зависящие от версии mysql, используйте один из них (удаляет все комментарии для чего-либо
mysqldump ... | grep -v '^\/\*![0-4][0-9]\{4\}.*\/;$'
mysqldump ... | sed -e 's/^\/\*![0-4][0-9]\{4\}.*\/;$//g'