В файле conf.py я говорил ему использовать doctest в папке расширения sphinx следующим образом; sys.path.insert(0, os.path.abspath('../venv/Lib/site-packages/sphinx/ext/'))
.
Должен просто указывать на папку Lib; sys.path.insert(0, os.path.abspath('../venv/Lib/'))
Это соблюдается чисто.