Вы можете добавить Capacitor в существующий проект Cordova без страха.
Если вы сделаете npx cap add android, Capacitor создаст папку android, в которую будет помещен собственный проект Android.
Если вы сделаете npx cap add ios, Capacitor создаст папку ios, в которую будет помещен собственный проект iOS.
Оба они обнаружат установленные плагины Cordova и выполнят необходимые операции, чтобы они работали впроект Capacitor (если они совместимы, не все из них)
Собственные проекты Cordova находятся внутри папки platforms, поэтому Capacitor не может их сломать.