Чтобы конвертировать hdf5 в .txt файл - PullRequest
Новая
       27

Чтобы конвертировать hdf5 в .txt файл

0 голосов
/ 12 июля 2019

Мне нужно конвертировать H5 файл в .txt файл. Я нашел код на Github, который конвертирует то же самое. Я пытаюсь ввести свой собственный файл Hdf5. Приведенный ниже код выдает ошибку и не конвертируется. 

R
python h5_txt.py thermal_images.h5

Make a numpy array
>>> np_array = np.random.random((30, 30))
Write it in h5 format
>>> h5_name = 'np_array.h5'
>>> write_dh5_np(h5_name, np_array)
Read it in h5 format and check contents
>>> np_array_from_h5 = read_hd5_np(h5_name)
>>> np.allclose(np_array_from_h5, np_array)
True
Write h5 file in txt format
>>> txt_name = 'np_array.txt'
>>> txt_name = convert_to_txt(h5_name, txt_name)
Read it in txt format and check contents
>>> np_array_from_txt = np.loadtxt(txt_name)
>>> np.allclose(np_array_from_txt, np_array)
True

import h5py
import numpy as np
import os
import sys
import doctest


def write_dh5_np(h5_name, np_array):
    """
    :param h5_name: Name of a h5 file
    :type h5_name: str
    :param np_array: Array of floats
    :type np_array: np.array
    """
    assert not os.path.isfile(h5_name), "Won't overwrite {}".format(h5_name)

    with h5py.File(h5_name, 'w') as h5_file:
        h5_file.create_dataset('np_array', data=np_array)

def read_hd5_np(h5_name):
    """
    :param h5_name: Name of a h5 file
    :type h5_name: str

    :returns: Data in h5 file
    :rtype: np.array
    """    
    with h5py.File(h5_name, 'r') as h5_file:
        np_array = h5_file['np_array'][()]

    return np_array    

def convert_to_txt(h5_name, txt_name=None):
    """
    :param h5_name: Name of a h5 file
    :type h5_name: str
    :param txt_name: Name of a txt file to be created
    :type txt_name: str

    :returns: Name of a txt file that was created
    :rtype: str
    """
    if txt_name is None:
        strip_name = os.path.splitext(h5_name)[0]
        txt_name = '{}.txt'.format(strip_name)

    assert not os.path.isfile(txt_name), "Won't overwrite {}".format(txt_name)

    np_array = read_hd5_np(h5_name)       
    np.savetxt(txt_name, np_array)

    return txt_name

if __name__ == "__main__":

    args = sys.argv[1:]

    if not args:

        doctest.testmod()   

    else:

        hdf5_name = sys.argv[1]

        try:
            txt_name = sys.argv[2]
        except IndexError:
            txt_name = None

        convert_to_txt(hdf5_name, txt_name)

Keyerror: «Невозможно открыть объект (объект« np_array »не существует)»

1 Ответ

0 голосов
/ 12 июля 2019

Код работает как задумано.Вы можете выполнить эти шаги, чтобы заставить его работать на вас.

Создайте файл mainfile.py и добавьте следующий код 

import numpy as np
import helpers as h


np_array = np.random.random((30, 30));
h5_name = 'np_array.h5';
h.write_dh5_np(h5_name, np_array);
np_array_from_h5 = h.read_hd5_np(h5_name);
np.allclose(np_array_from_h5, np_array);
txt_name = 'np_array.txt'
txt_name = h.convert_to_txt(h5_name, txt_name)
np_array_from_txt = np.loadtxt(txt_name)
np.allclose(np_array_from_txt, np_array)

Теперь создайте файл helpers.py в той же папке идобавьте в него следующий код 

import os
import sys
import doctest
import h5py
import numpy as np
def write_dh5_np(h5_name, np_array):
    """
    :param h5_name: Name of a h5 file
    :type h5_name: str
    :param np_array: Array of floats
    :type np_array: np.array
    """
    # assert not os.path.isfile(h5_name), "Won't overwrite {}".format(h5_name)

    with h5py.File(h5_name, 'w') as h5_file:
        h5_file.create_dataset('np_array', data=np_array)

def read_hd5_np(h5_name):
    """
    :param h5_name: Name of a h5 file
    :type h5_name: str

    :returns: Data in h5 file
    :rtype: np.array
    """
    with h5py.File(h5_name, 'r') as h5_file:
        np_array = h5_file['np_array'][()]

    return np_array

def convert_to_txt(h5_name, txt_name=None):
    """
    :param h5_name: Name of a h5 file
    :type h5_name: str
    :param txt_name: Name of a txt file to be created
    :type txt_name: str

    :returns: Name of a txt file that was created
    :rtype: str
    """
    if txt_name is None:
        strip_name = os.path.splitext(h5_name)[0]
        txt_name = '{}.txt'.format(strip_name)

    # assert not os.path.isfile(txt_name), "Won't overwrite {}".format(txt_name)

    np_array = read_hd5_np(h5_name)
    np.savetxt(txt_name, np_array)

    return txt_name

Запустите файл mainfile.py, и ваш код начнет работать.Вы не передавали свой файл методу, который фактически конвертирует файл hdf5 в txt, поэтому он выдавал ошибку.Надеюсь, это поможет.

...