Я твердо поддерживаю подход простота / рефакторинг по мере необходимости.
При таком подходе вы просто помещаете все свои классы в одно пространство имен и получаете ваш код работающим. В какой бы точке цикла разработки вы не почувствовали себя «беспорядочно», подумайте о имеющихся у вас классах и логически разделите их на одно или два пространства имен, которые соответствуют вашим представлениям о каждой группе.
По мере продолжения повторяйте этот процесс регулярно / по мере необходимости, и когда общее количество файлов увеличивается, вы можете рассмотреть возможность структурирования папок в соответствии с вашими пространствами имен.
Это может не подходить для всех, но если вам понравится идея «сделай это», а затем доработать, то я бы порекомендовал этот подход.
Обновлено:
Ссылка на Обучающие материалы по MVC , которые дадут вам представление о том, как они рекомендуют делать вещи.