Если они все еще находятся в файле конструктора после перезапуска VS и повторного открытия конструктора, то они еще не были удалены. Я видел несколько случаев, когда люди думали, что переменные удалены, но в результате они были удалены из видимой области формы. Так что они все еще существуют, но они не делают ничего интересного.
Что вы можете сделать, так это закрыть конструктор, осторожно удалить все необходимые переменные из файла designer.cs, перекомпилировать и заново открыть конструктор. Перед тем, как сделать это, я бы сделал резервную копию файла, хотя это может испортить ваш контроль.