Мой ответ кажется слишком простым, поэтому, возможно, я неправильно понял вопрос, но ...
Для меня в поддиректории / SConscript:
my_build_directory = '.'
echo_cmd = Command('always.echo', [], "echo %s" % (Dir('.').abspath))
Alias('echo', echo_cmd)
производит:
# => cd test-scons
# => ls
# build/ SConstruct subdir/
# => scons echo
# scons: Building targets ...
# echo HOME/test-scons/build/subdir
# HOME/test-scons/build/subdir
# scons: done building targets.