Измените
var marker = new ol.Feature({
geometry: new ol.geometry.point(ol.proj.transform([16.9071388, 52.4901917], 'EPSG:4326', 'EPSG:3857')),
});
на
var marker = new ol.Feature({
geometry: new ol.geom.Point(ol.proj.transform([16.9071388, 52.4901917], 'EPSG:4326', 'EPSG:3857')),
});
и измените масштаб изображения с 12 на 11 в представлении (в противном случае точка находится здесь, но за пределами исходного вида, и вам нужночтобы уменьшить масштаб)
PS: Не уверен, где вы взяли ol.geometry.point
, поскольку это никогда не упоминалось в учебнике, на который вы ссылались