Как все комментарии, пожалуйста, добавьте код и, если необходимо, добавьте изображение.
Когда вы говорите «удалить все 16», вы имеете в виду заменить их другими значениями или просто выбрать подмассив без 16?
Кажется, что 16 всегда располагаются в конце каждой строки, поэтому вы можете сделать
img # array containing the 16, of shape (X,Y,4)
img_no16 = img[:,:,:3] # this gets you rid of the last column and returns an array of shape (X,Y,3)
Если, однако, вы хотите заменить все 16 в массиве, у вас есть две опции
Если они всегда располагаются в конце каждой строки, вы можете сделать что-то похожее на
img[:,:,:3] = 0 # or any other number
Если вы не знаете, где находятся 16, и просто хотите заменить их всех, скажем, -1, вы можете сделать
img[np.where(img == 16)] = -1