Подстановка попарной матрицы с помощью wlidcard - PullRequest
Новая
       9

Подстановка попарной матрицы с помощью wlidcard

0 голосов
/ 24 апреля 2018

Я хотел бы разделить часть большой попарной матрицы на меньшие матрицы.например, 

    TF1 TF2 TF3 TG1 TG2 TG3
TF1 0    2   1  450 460 450
TF2 2    0   1  452 462 462
TF3 1    2   0  451 461 451
TG1 450 452 450 0   2   0
TG2 460 462 462 2   0   1
TG3 450 452 451 1   2   0

Я могу установить подмножество, если я введу точное имя столбца и строки "TF1" и т. д., но я хочу, например, все TF.

Я считаю, что это может быть grep, но яне могу поставить grep где-нибудь в моем форуме: 

TF <-T_PW[c("TF1","TF2","TF3"),c("TF1","TF2","TF3")]

Это ожидаемая выходная матрица: 

    TF2 TF3 TF1   
TF1 0   2   1
TF2 2   0   1
TF3 1   2   0

Это потому, что, поскольку это попарно, столбцы и строки имеют имена ??

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 26 апреля 2018

grep возвращает индексы входных данных, которые соответствуют указанному регулярному выражению: 

> grep('^TF', rownames(T_PW))
[1] 1 2 3

> grep('^TF', colnames(T_PW))
[1] 1 2 3

Таким образом, вы можете поместить grep внутри [] для подстановки rownames и colnamesматрица: 

TF = T_PW[grep('^TF', rownames(T_PW)), grep('^TF', colnames(T_PW))]

Поскольку rownames симметричны colnames, вы также можете сделать что-то вроде этого: 

TF_names = grep('^TF', colnames(T_PW))

T_PW[TF_names, TF_names]

Результат: 

    TF1 TF2 TF3
TF1   0   2   1
TF2   2   0   1
TF3   1   2   0

Данные: 

T_PW = read.table(text="    TF1 TF2 TF3 TG1 TG2 TG3
TF1 0    2   1  450 460 450
                 TF2 2    0   1  452 462 462
                 TF3 1    2   0  451 461 451
                 TG1 450 452 450 0   2   0
                 TG2 460 462 462 2   0   1
                 TG3 450 452 451 1   2   0", header = TRUE, row.names=1)

T_PW = as.matrix(T_PW)
...