переписать выражение класса OWL как запрос SPARQL? - PullRequest
Новая
       5

переписать выражение класса OWL как запрос SPARQL?

0 голосов
/ 23 июня 2018

Я ознакомился с https://github.com/SmartDataAnalytics/OWL2SPARQL, AKSW, который довольно прост в использовании, даже с Scala и sbt, но не переписывает выражения классов.

I ( и вхотя бы еще один человек !) нашел бы выражение класса -> переписывание SPARQL полезным.Может быть, это потому, что я (по крайней мере) делаю наказания?Например, мне нужно найти всех лиц, отпускающих лекарства по рецепту, в которых упоминается любая таблетка препарата класса , в которой (косвенно) содержится химическое вещество "розувастатин" в качестве активного ингредиента 

:X a 'drug prescription' .
:X mentions 'rosuvastatin Oral Tablet' .

, где

Суперклассы и утвержденные аксиомы для «устного таблетки розувастатина»: 

drug tablet
  has_proper_part some (scattered molecular aggregate and 
    (is bearer of some active ingredient) and 
        (has granular part some rosuvastatin))

, где розувастатин равен http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00018679 (а другие IRI можно увидеть в контексте RDF / XML на http://www.ontobee.org/ontology/rdf/DRON?iri=http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00027869)

Существуют ли другие инструменты, которые могут переписать выражение класса OWL в качестве запроса SPARQL?

Если нет, то я могу написать ярлык цепочки свойств ...но это игнорирует типы классов, участвующих в цепочке, верно?

У меня есть пример на https://github.com/turbomam/owl2sparql4turbo

1 Ответ

0 голосов
/ 27 июня 2018

AKSW добавил запрошенную мною функциональность и дал несколько полезных советов по использованию OWL API. Мой мост из потока Java в поток Scala может быть немного неуклюжим.

Клон https://github.com/turbomam/owl2sparql4turbo, чтобы увидеть, как настроить build.sbt для импорта зависимостей.

Онтология rots.owl включает в себя такие аксиомы (в нотации Манчестера ... RDF / XML или Turtle тоже подойдут): 

Class: obo:DRON_00027869

    Annotations: 
        rdfs:label "rosuvastatin Oral Tablet"^^xsd:string,
        obo:DRON_00010000 "402354"^^xsd:string

    SubClassOf: 
        obo:DRON_00000022,
        <http://www.obofoundry.org/ro/ro.owl#has_proper_part> some 
            (obo:OBI_0000576
             and (obo:BFO_0000053 some obo:DRON_00000028)
             and (obo:BFO_0000071 some obo:DRON_00018679))

Пробежать https://github.com/turbomam/owl2sparql4turbo/blob/master/src/main/scala/ROTS.scala...

import java.io.File
import scala.compat.java8.StreamConverters.RichStream
import org.aksw.owl2sparql.OWLClassExpressionToSPARQLSubClassQueryConverter
import org.semanticweb.owlapi.apibinding.OWLManager
import org.semanticweb.owlapi.model.IRI
import org.semanticweb.owlapi.search.EntitySearcher

object ROTS {

  // SPARQL searches for Rosuvastatin Oral Tablet classes

  def main(args: Array[String]): Unit = {

    var manager = OWLManager.createOWLOntologyManager()
    var ontology = manager.loadOntologyFromOntologyDocument(new File("rots.owl"))

    // use a factory to convert stings to IRI objects
    var factory = manager.getOWLDataFactory()
    var termIRI = IRI.create("http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00081385")
    var someClass = factory.getOWLClass(termIRI)

    var classSupers = EntitySearcher.getSuperClasses(someClass, ontology).toScala[Stream]

    var oneSuper = classSupers(0)

    var scConverter = new OWLClassExpressionToSPARQLSubClassQueryConverter()
    var targetVar = "?x"

    var queryStr = scConverter.convert(oneSuper, targetVar)

    println(queryStr)

  }
}

генерирует вывод: 

PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
SELECT ?x WHERE {  ?x rdf:type owl:Class ;
     rdfs:subClassOf [ rdf:type owl:Restriction ;
                       owl:onProperty <http://www.obofoundry.org/ro/ro.owl#has_proper_part> ;
                       owl:someValuesFrom [ owl:intersectionOf ( <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000576>
                                                                 [ rdf:type owl:Restriction ;
                                                                   owl:onProperty <http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000053> ;
                                                                   owl:someValuesFrom <http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00000029>
                                                                 ]
                                                                 [ rdf:type owl:Restriction ;
                                                                   owl:onProperty <http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000071> ;
                                                                   owl:someValuesFrom <http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30618>
                                                                 ]
                                                               ) ;
                                            rdf:type owl:Class
                                          ]
                     ] .
}
...