Я предполагаю, что ваш application.xml содержит один или несколько элементов модуля. Сообщение об ошибке говорит о том, что модуль, который вы определили в application.xml, не найден в вашем приложении. То есть файл отсутствует в вашем файле .EAR.
Предположим, что ваш application.xml содержит следующие элементы:
<module>
<java>MyClient.jar</java>
</module>
<module>
<ejb>MyEjb.jar</ejb>
</module>
<module>
<web>
<web-uri>MyWar.war</web-uri>
<context-root>mywar</context-root>
</web>
</module>
Тогда ваш .EAR-файл должен содержать эти файлы в корневом каталоге:
MyClient.jar
MyEjb.jar
MyWar.war