Если вы используете Anaconda, вы можете просто установить пакет pydot через навигатор Anaconda.
Если вы затем запускаете IDE / ноутбук из Anaconda из той же среды, вы уверены, что используете ту же среду для запуска сценария, для которого вы установили pydot.
Я ожидаю, что Python все еще не может найти пакет, потому что он установлен в среде, отличной от той, в которой вы запускаете скрипт.