Как раз в момент написания своего вопроса я нашел решение, так что, может быть, оно пригодится кому-то еще:
Проблема с установкой php 5.3 через macports заключается в том, что в php.ini есть строка, которая неверна.
; Directory in which the loadable extensions (modules) reside.
extension_dir = "./"
следует изменить на:
; Directory in which the loadable extensions (modules) reside.
; extension_dir = "./"
(просто раскомментируйте, верно.)
PHP 5.3 сам находит extension_dir, поэтому для extension_dir больше нет необходимости.