К сожалению, это не кажется решаемым. В основном, xml-изменения, сделанные во время установки, кажутся «завершенными» до тех пор, пока установка фактически не завершится.
Из-за этого xml-файл остается с установленными атрибутами readonly и hidden.
В моем опыте работы с IS2009 мне пришлось написать installScript для ручной обработки изменений (и удаления).
На форумах сообщества IS довольно много людей с этой проблемой, но, к сожалению, нет официального ответа или подтверждения ..