(при очистке) Невозможно вызвать метод "FETCH" для неопределенного значения Строка Object / InsideOut.pm 1953 во время глобального уничтожения - PullRequest
Новая
       5

(при очистке) Невозможно вызвать метод "FETCH" для неопределенного значения Строка Object / InsideOut.pm 1953 во время глобального уничтожения

0 голосов
/ 02 января 2019

Исходная команда: 

nohup time -v --output=time_braker2_RNAonly.log braker.pl --species=BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613 --useexisting --cores=40 --genome=/home/cch/sunbird/sunbird_RepeatMasker_trim/sunbird_platanus_trim_kraken_scaff_gapclosed_1000.fa.masked --softmasking 1 --hints=/home/cch/sunbird/sunbird_HISAT2_trim/sunbird_trim_hints_AS_400K.gff,/home/cch/sunbird/sunbird_HISAT2_trim/sunbird_trim_hints_China_400K.gff --UTR=off &

Когда я запускаю BRAKER2, я не мог продолжить и продолжал получать эти сообщения об ошибках повторно в GeneMark-ET.stderr: 

(in cleanup) Can't call method "FETCH" on an undefined value at /usr/local/share/perl/5.22.1/Object/InsideOut.pm line 1953 during global destruction

У меня естьпытался обновить модуль Object :: InsideOut, но не помогал

Это строка 1953 в файле perl: 

head -n 1953 /usr/local/share/perl/5.22.1/Object/InsideOut.pm | tail -n 10
    return if (! $$self);

    # Grab any error coming into this routine
    my $err = $@;

    # Preserve other error variables
    local($!, $^E, $?);

    # Workaround for Perl's "in cleanup" bug
    if ($Config::Config{useithreads} &&

Еще одно сообщение об ошибке в getAnnoFastaJoingenes..stderr 

usage: getAnnoFastaFromJoingenes.py [-h] -g GENOME -f GTF -o OUT
                                    [-t TRANSLATION_TABLE] [-s FILTER]
getAnnoFastaFromJoingenes.py: error: argument -o/--out: expected one argument

и это мой файл nohup: 

Use of uninitialized value $_ in substitution (s///) at /opt/BRAKER/scripts/braker.pl line 7970.
ERROR in file /opt/BRAKER/scripts/braker.pl at line 7986
Failed to execute: perl /opt/Augustus/scripts/join_aug_pred.pl < /home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/augustus.tmp.gff > /home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/augustus.hints.gff

Вот где заканчивается мой файл журнала: 

#Thu Dec 27 20:34:03 2018: Making a fasta file with protein sequences of /home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/augustus.hints.gtf
/usr/bin/python3 /opt/Augustus/scripts/getAnnoFastaFromJoingenes.py -g /home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/genome.fa -f /home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/augustus.hints.gtf -o 1> /home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/getAnnoFasta..stdout 2>/home/cch/sunbird/sunbird_BRAKER2_RNAonly_trim/braker/BUSCO_BUSCO_sunbird_trimPLK_881882613/errors/getAnnoFastaJoingenes..stderr

Я проверил строку braker.pl 7970: 

head -n 7970 /opt/BRAKER/scripts/braker.pl | tail -n 10

sub get_anno_fasta {
    my $AUG_pred = shift;
    print LOG "\# "
        . (localtime)
        . ": Making a fasta file with protein sequences of $AUG_pred\n"
        if ($v > 2);
    my $name_base = $AUG_pred;
    $name_base = s/[^\.]+$//;

и braker.pl line 7986: 

head -n 7986 /opt/BRAKER/scripts/braker.pl | tail -n 10

my $pythonCmdString = "";
if ($nice) {
    $pythonCmdString .= "nice ";
}
$pythonCmdString .= "$PYTHON3_PATH/python3 $string -g $genome -f $AUG_pred "
                 .  "-o $name_base 1> $outfile 2>$errorfile";

print LOG "$pythonCmdString\n\n" if ($v > 3);
system("$pythonCmdString") == 0
    or die("ERROR in file " . __FILE__ ." at line ". __LINE__

Очень признателен, если у кого-то возникнет какая-либо идея по этому поводу, я попытался выяснить, есть ли какое-либо решение в Интернете, но практически нет источникови у меня ограниченное понимание этих ...

1 Ответ

0 голосов
/ 04 января 2019

Помимо предупреждения о perl, я обнаружил, что в скрипте perl от BRAKER2, загруженном 22.12.2008, была ошибка, которая была исправлена ​​уже в последней версии:

$ name_base = s / [^.] + $ // отсутствует ~ after = 

$name_base =~ s/[^\.]+$//

проверьте последнюю версию BRAKER.pl, которую они редактировали, и добавили много строк.

...