Я не знаю, сделают ли какие-нибудь готовые парсеры XSLT то, что вы предлагаете ...
Возможно, вы захотите прочитать один из документов в DOM-дереве, а затем прочитать в другом, добавив в него каждый дочерний элемент.
Затем вы можете либо манипулировать DOM непосредственно в памяти, либо записать его в один документ, а затем выполнить преобразование XSL, чтобы получить уникальные значения ...
Вот так я бы подошел, по крайней мере.