Попробуйте следующий код.Первые шесть строк создают миниатюрную версию вашего большого массива.Пожалуйста, скажите мне, если я неправильно понял его расположение.
% x,y x,y x,y x,y
p1 = [ 1,2, -1,3, -2,6, -3,7]; % positions of particle 1
p2 = [ 2,3, 2,4, 3,6 3,8]; % positions of particle 2
p3 = [-1,-3, 0,-1, 1,0, 2,2]; % positions of particle 3
ps = [p1;p2; p3]; % "large array"
px = ps(:,1:2:end)'; % particles' x-positions
py = ps(:,2:2:end)'; % particles' y-positions
plot(px,py)