Да, обычно вы должны загружать новый сертификат в хранилище ключей при каждом изменении сертификата.
Цель сертификата - установить доверенное соединение. Сертификат сообщает вашей программе, что URL-адрес, который она пытается найти, на самом деле является реальным, а не поддельным.
Безопасность всегда стоит денег. Ежегодная смена сертификата - это незначительная перегрузка безопасности, которую он обеспечивает, чтобы избежать любых атак спуфинга DNS.
Чтобы ответить, если есть лучшие способы сделать это - Да, лучший способ - импортировать сертификат в том же хранилище ключей. Вам не нужно менять хранилище ключей.
Вы можете использовать следующую команду для достижения того же:
keytool -import -file newcert.cer -alias mynewcertificate -keystore keystore.jks
Введите пароль вашего хранилища ключей при запросе.