Я не знаю, что вы установили в переменной разрешения.но после загрузки JQuery вы можете использовать его
<?php if ( $user_permission == 'denied' ){ ?>
<script> $('#manageOrdersNav').hide(); </script>
<?php } ?>
или вверху страницы
<?php if ( $user_permission == 'denied' ){ ?>
<script> var manageOrdersNav = true </script>
<?php } else { ?>
<script> var manageOrdersNav = false </script>
<?php } ?>
внизу страницы
<script>
if (manageOrdersNav = true){
$('#manageOrdersNav').hide();
}
</script>
вы можете сделать.
но лучший способ сделать это с php, как вы сделали