Каждая среда Python независима.Установка пакета в среду Python anaconda не устанавливает его ни в среду Python Canopy (ни в другую среду Python anaconda).Это особенность, а не ошибка;это позволяет различным средам Python настраиваться по-разному, даже несовместимо.
Чтобы использовать OpenCV в среде Python Canopy User, сначала установите его с помощью диспетчера пакетов Canopy.