Если Gradle делает это, вам, вероятно, не следует предотвращать это, если вы не полностью понимаете, почему это происходит.
Существует несколько причин, по которым необходимо несколько версий, например, в процессе сборки есть плагины, для которых требуются разные версии библиотеки.
Один плагин может быть разработан поставщиком, а другой - случайной командой в каком-то месте, и у них разные требования. Иногда даже ваше собственное приложение может попросить об этом, например, в случаях, когда вы создаете компоненты, которые могут работать в среде с несколькими загрузчиками классов, классическим примером является OSGi.
Итог, если это не мешает вашей работе, просто оставьте их там, что-то запрашивало эту версию. Для вашего приложения вы можете определить свои зависимости и контролировать требуемые версии.
Обычно, в зависимости от авторов крышки, небольшая разница в количестве версий может означать огромные изменения API, и несколько версий - единственный способ совместить части. Не обязательно только для вашего приложения, но и для вашего здания. Не упоминая здесь наследование зависимостей, которое может сложиться.