Я попытался воспроизвести проблему, но мой файл .node и электронный упаковщик v12.1.1 и увидел, что мой файл addon.node по-прежнему правильно находится в архиве asar.
Как вы проверяете, что в архиве asar нет вашего файла addon.node?
Я запустил asar extract app.asar
, чтобы найти свой узел.
Возможно попробуйте электронный упаковщик с флагом --no-prune. Если ваш пакет требуется через ваши devDependencies, то он будет удален по умолчанию.