Да, вам нужно настроить отдельный сервер для размещения приложения, на котором зарегистрирован ваш webhook.
Когда вы будете готовы переместить ваше приложение с локального компьютера на сервер, выВы захотите зарегистрировать свой веб-крючок по URL-адресу назначения, который вы настроили на своем сервере, а не по URL-адресу ngrok.
Например, если ваше приложение было размещено на Heroku, а ваш маршрут веб-крюка был /webhooks, вы бы отправили запрос на создание webhook в вашем магазине:
{
"scope": "store/product/updated",
"destination": "https://YOURherokuURL.com/webhooks",
"is_active": true
}