Когда вы запускаете свою программу из CLion, вы должны увидеть вкладку, открытую в окне Run в нижней части экрана (расположение по умолчанию), с названием вашей программы в качестве заголовка вкладки. Нажмите на курсор внутри окна, и вы сможете ввести свой текст.