Prometheus не поддерживает переменные среды. Есть несколько потоков, обсуждающих это в GitHub.
Вы можете использовать envsubs или, если вам нужен более надежный и универсальный инструмент, я рекомендую GO с Confd (написано в GO: D). Вы также можете получить секреты от бэкэндов, таких как etcd или AWS ssm.
Здесь у вас есть Pormetheus с confd, готовым к работе (просто нужно изменить конфигурацию в соответствии с вашими потребностями.