Я пытаюсь рассчитать повторяемость агрессии (порядковые баллы от 1 до 6) отдельных лиц. Индивидуумы (ID) не являются независимыми, но вложены в колонии. Мы знаем, что колонии отличаются друг от друга уровнем агрессии. Поэтому я хотел бы включить колонию в качестве случайных эффектов в модель и оценить повторяемость при агрессии отдельных лиц.
Мои данные включают 204 человека из 7 колоний, неоднократно проверенных на агрессию 4 раза. Колонии и особи (ID) были преобразованы как факторы (7 уровней и 204 уровня соответственно) перед запуском MCMCglmm с family = "ordinal".
Был установлен следующий приоритет:
prior=list(R=list(V=1,fix=1),
G=list(G1=list(V=1,nu=1000,alpha.mu=0,alpha.V=1),
G2=list(V=1,nu=1000,alpha.mu=0,alpha.V=1)))
И модель запускалась с синтаксисом:
mod<-MCMCglmm(Aggression~1,random=~colony+ID,data=data,family="ordinal",
prior=prior, nitt=500000, thin=1000,burnin=50000,verbose=F)
Из этого, задний режим был извлечен следующим образом:
posterior.mode(mod$VCV)
Вывод был следующим:
colony: 0.2397765; ID:0.2900612; units: 0.9998443
Повторяемость индивидуумов была рассчитана следующим образом:
Repeatability (R) = 0.290/(0.239+0.290+0.999+1), что, я думаю, равно между индивидуальной дисперсией / общей дисперсией. 1 добавляется к знаменателю для учета распределения пробитов.
Мне интересно, правильный ли это код формулы для оценки повторяемости? Потому что у меня низкие и неожиданные значения повторяемости (0,11).
Автокорреляция была <0,1. Эффективные размеры выборки были между 360 и 450. Кроме того, график следа для колонии выглядит немного странным? </p>
Любая помощь очень ценится. Спасибо!