Ваша проблема в том, что определение класса custom-navbar
имеет фиксированную высоту:
.custom-navbar {
margin-bottom: 1em;
height: 60px;
}
Поэтому, когда ссылки должны распределяться по двум строкам, возникает переполнение.Решением этой проблемы будет просто удаление фиксированной высоты, вы можете проверить исправление здесь:
JS-Fiddle