Воспользовавшись тем, что:
Когда они не объединены, у них не должно быть общих имен столбцов.
Проверьте, существует ли какое-либо из имен столбцов в df2 в df. Для этого вы можете использовать свойство «columns» объекта DataFrame.
Например:
# Create DataFrames with respectively unique columns
df = pd.DataFrame([1,2,3], columns=['a'])
df2 = pd.DataFrame([4,5,6], columns=['b'])
# False; the DataFrames have not been mereged
not df.columns.intersection(df2.columns).empty
# Merge
df = df.merge(df2,how='left',left_index=True,right_index=True)
# True; the DataFrames have been merged
not df.columns.intersection(df2.columns).empty
Обновление: предложение приходит из комментариев. Смотрите похожие параметры здесь: python: проверьте, содержит ли массив numpy какой-либо элемент другого массива