Вы не можете использовать сам Lucene из CPython без использования двоичного модуля, нет.
Вы можете использовать его непосредственно из Jython или использовать порт Lucene на Python, например. Lupy (хотя Lupy больше не разрабатывается).
Если вы готовы ослабить недвоичное требование, PyLucene - это оболочка, которая встраивает Java Lucene в Python.
Этот похожий вопрос предлагает несколько вариантов: Есть ли чистый Python Lucene?