Вызов flex-компилятора из Java не должен отличаться от вызова его из плагина eclipse. Я предполагаю, что у вас есть проект, расположенный где-то в файловой системе, поэтому я предполагаю, что если изображения находятся в правильном относительном пути, они должны быть встроены Как вы их встраиваете?
Другой вариант, если вы используете их в веб-среде (а не в AIR), просто написать относительный путь сервера к изображению. Например - .swf
находится в /
, вы можете поставить изображение на /images/myimage.jpg
, и оно будет работать.