Я не уверен, что вы имеете в виду, когда говорите, что ваша машина открыта. Если у людей есть доступ к консоли или к вашей учетной записи, гораздо сложнее зашифровать файл.
Вы смотрели на Truecrypt ? Он работает для большинства популярных операционных систем и позволяет создать виртуальный зашифрованный раздел, заблокировать раздел жесткого диска, внешний диск или USB-устройство.