Ваша путаница - наше разочарование. Многие из нас, кто принимает эти архитектурные решения для наших веб-сайтов, подняли руки из-за отсутствия ясности и хороших методов разработки Microsoft по этому вопросу.
Моя команда наверняка сгорела от Linq2Sql.
Теперь мы создаем наш веб-сайт с использованием подхода, ориентированного на домен, и, в частности, Onion Architecture Палермо (http://jeffreypalermo.com/blog/the-onion-architecture-part-1/). Бизнес-объекты являются просто POCO и не зависят от инфраструктуры.
Инфраструктура теперь обрабатывается NHibernate и заказным ORM для нашей CMS. Тяжелые начальные затраты на них были значительно перевешены осознанием того, что сообщество продолжит движение NHibernate в лучшем направлении, и мы контролируем источник нашего ORM. Что еще хуже, Microsoft выпускает нечто действительно привлекательное, работающее в архитектуре DDD, нам просто нужно переписать наш уровень инфраструктуры.