В текущей версии это должно быть довольно просто. Взгляните на очень похожий случай с конфликтами после сбора вишни (в основном то же самое с git pull):
После уведомления о конфликтах вы сразу получаете список файлов, требующих разрешения конфликтов.
Вы проходите все из них, нажимая «Разрешить» и «Сцена» после разрешения. Тогда просто коммит и все готово.