r Ошибка установки пакета "неизвестное имя типа‘ R_CallMethodDef ’" - PullRequest
Новая
       15

r Ошибка установки пакета "неизвестное имя типа‘ R_CallMethodDef ’"

0 голосов
/ 25 августа 2018

Я пытаюсь установить пакет r "sparsesvd", используя install.packages(), но во время компиляции получена ошибка.Любая помощь высоко ценится!

"имя неизвестного типа 'R_CallMethodDef'"

Я также пытался conda install -c r r-sparsesvd;но получил ошибку.

Решение среды: сбой

PackagesNotFoundError: Следующие пакеты недоступны из текущих каналов:

  • r-sparsesvd

Текущие каналы:

Я пытался

conda skeleton cran --recursive r-sparsesvd conda build r-sparsesvd.

В то время как 1-й шаг был успешным, сборка не удалась.

Выполнение остановлено Тесты не пройдены для r-sparsesvd-0.1_4-r341h96ca727_0.tar.bz2

Вот сессия информации.По причине проекта, я должен использовать R3.3

R версии 3.3.2 (2016-10-31) Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-разрядная версия) Работает под:CentOS Linux 7 (Core)

языковой стандарт: [1] LC_CTYPE = en_US.UTF-8 LC_NUMERIC = C [3] LC_TIME = en_US.UTF-8 LC_COLLATE = en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY = en_US.UTF-8 LC_MESSAGES = en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER = en_US.UTF-8 LC_NAME = C [9] LC_ADDRESS = C
LC_TELEPHONE = C [11] LC_MEASUREMENT = en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION = C

прикрепленные базовые пакеты: [1] stats graphics grDevices utils
наборы методов базы данных

загружены через пространство имен (и не прикреплены): [1] tools_3.3.2

1 Ответ

0 голосов
/ 26 августа 2018

Это (еще раз) не проблема с R, CRAN или его пакетами ... но, видимо, с Conda.В моей системе нет абсолютно никаких проблем с этим маленьким пакетом с очень небольшим количеством зависимостей: 

R> install.packages("sparsesvd")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/sparsesvd_0.1-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 29729 bytes (29 KB)
==================================================
downloaded 29 KB

* installing *source* package ‘sparsesvd’ ...
** package ‘sparsesvd’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -std=gnu99 -march=native -c las2.c -o las2.o
gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -std=gnu99 -march=native -c main.c -o main.o
gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -std=gnu99 -march=native -c svdlib.c -o svdlib.o
gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -std=gnu99 -march=native -c svdutil.c -o svdutil.o
svdutil.c: In function ‘svd_readBinFloat’:
svdutil.c:265:5: warning: dereferencing type-punned pointer will break strict-aliasing rules [-Wstrict-aliasing]
     y = *((float *) &x);
     ^
svdutil.c: In function ‘svd_writeBinFloat’:
svdutil.c:290:3: warning: dereferencing type-punned pointer will break strict-aliasing rules [-Wstrict-aliasing]
   int y = htonl(*((int *) &r));
   ^~~
gcc -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o sparsesvd.so las2.o main.o svdlib.o svdutil.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/sparsesvd/libs
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (sparsesvd)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpI3TPWj/downloaded_packages’
R>
...