Есть два способа установить размер SWF по умолчанию:
1) добавить аргумент компилятора:
-default-size=800,600
2) использовать метаданные в своем основном flex-файле mxml или классе
MXML:
<mx:Metadata>
[SWF(width='800', height='600')]
</mx:Metadata>
Класс:
[SWF(width='800', height='600')]
public class Main extends Application {}
Это сообщит компилятору, какие значения поместить в тег заголовка swf.