Что вы подразумеваете под упаковкой? Если это один скрипт, запускаемый на коробке, в которой уже установлен python, вам просто нужно поместить shebang в первую строку файла и все.
Если вы хотите, чтобы он выполнялся под Windows или на коробке без Python, вам понадобится что-то внешнее, например, pyinstaller .
Если ваш вопрос касается того, куда помещать файлы конфигурации / данных, вам необходимо работать в зависимости от платформы (например, запись в реестр или домашнюю папку ), так как насколько я знаю.