Base64 используется только для обеспечения возможности переноса JWT по каналам, для которых требуется ASCII.Помещение JWT в качестве JSON в заголовок HTTP-запроса может вызвать проблемы, хотя его кодирование в Base64 всегда должно работать.
Обратите внимание, что Base64 не используется для шифрования, он используется для упрощения транспортировки.