Рассматривая похожие последовательности между объединенными фреймами данных

Question

Я новичок в R, и мне нужна помощь по следующей проблеме. В настоящее время у меня есть 2 пациента, по 2 лечения для каждого пациента. Я хотел бы увидеть, какие уникальные генные последовательности присутствуют только в одной из групп лечения, а затем сравнить одно и то же лечение, чтобы увидеть, встречается ли один и тот же ген у обоих пациентов. Мне удалось выделить гены, которые присутствовали в одной группе лечения для каждого пациента, однако у меня возникли проблемы со второй частью, в которой я хотел бы увидеть, есть ли одинаковые последовательности у обоих пациентов. Вот мой код:

a=!is.na(merged11$AS1_ITD_cloneCount)
b=is.na(merged11$AS1_WT_cloneCount)
merged2<-merge(merged1,AS3_WT,by.x="clonalSequence",by.y="clonalSequence",all=T)
Patient_1_Difference <- merged2[a&b, c("clonalSequence","AS1_ITD_cloneCount","AS1_WT_cloneCount","aaSeqCDR3.x","aaSeqCDR3.y")]
P3a=!is.na(Patient_3_merge$AS3_ITD_cloneCount)
P3b=is.na(Patient_3_merge$AS3_WT_cloneCount)
Patient_3_merge <- merge(AS3_WT,AS3_ITD,by.x="clonalSequence",by.y="clonalSequence",all=T)
Patient_1_and_3_ITD_merge <- merge(merged2, Patient_3_merge, by.x="clonalSequence",by.y="clonalSequence",all=T)
Patient_1_and_3_ITD <- Patient_1_and_3_ITD_merge[a&b&P3a&P3b, c("clonalSequence","AS1_ITD_cloneCount","AS3_ITD_cloneCount","aaSeqCDR3.x.x","aaSeqCDR3.y.y")]

Answer 1

Вы можете найти частоту каждой последовательности. Функция table() вычисляет частоту. Я поместил данные в фрейм данных, используя data.table, чтобы их было легче увидеть. Я надеюсь, что это отвечает на ваш вопрос.

library(data.table)
x <- as.data.table(table(yourdata))