Я не уверен, какая у вас проблема, я попробовал следующее:
String text = "Some text with \n new \n line chars \n";
DocumentModel document = DocumentModel.Load("input.docx");
document.Bookmarks["bm_1"].GetContent(false).LoadText(text);
document.Save("output.pdf");
Я использовал следующий ввод DOCX:

И я получил следующий вывод PDF:

Можете ли вы прислать мне свои входные и выходные файлы?