Я тоже столкнулся с этой проблемой и смог обойти ее в NUnit 2.5.
В графическом интерфейсе NUnit включите поддержку Visual Studio в разделе Инструменты> Настройки ...
Теперь выберите «Файл»> «Открыть проект» ... Измените фильтр файлов с «Проекты и сборки» на «Решения» и загрузите файл решения. Вы должны быть в состоянии выполнить все свои тесты.
Теперь выберите «Файл»> «Сохранить как» ... и сохраните текущую настройку как проект NUnit. Теперь вы можете перейти в Project> Edit ... и удалить не тестовые сборки или внести любые другие необходимые изменения.