Не уверен, что именно вы хотите построить, но компонент z каркаса должен быть двухмерным:
это показывает сюжет:
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d
import numpy as np
fig = plt.figure()
chart = fig.add_subplot(1,1,1,projection="3d")
X, Y, Z = np.array([[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8],
[2 ,5 ,3 ,8 ,9 ,5 ,6 ,1],
np.array([[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8], [3, 6, 2, 7, 5, 4, 5, 6]])])
chart.plot_wireframe(X, Y, Z)
plt.show()

Если вместо этого вы хотите построить кривую:
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d
import numpy as np
fig = plt.figure()
chart = fig.add_subplot(1,1,1,projection="3d")
X, Y, Z = np.array([[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8],
[2 ,5 ,3 ,8 ,9 ,5 ,6 ,1],
[3, 6, 2, 7, 5, 4, 5, 6]])
chart.plot(X, Y, Z)
plt.show()
