Должен быть файл, созданный Apache Rat по пути giraph-gora/target/rat.txt
(так как это неудачный проект).Этот файл будет содержать сведения о файлах в ваших проектах, которые не имеют надлежащей лицензии (а также тех, которые имеют, но они не представляют для вас интереса).
Скорее всего, дело в том, чтофайлы, созданные eclipse (.classpath, .project, org.eclipse.core.resources.prefs, org.eclipse.m2e.core.prefs, org.eclipse.jdt.core.prefs), создают проблему.Если вы удалите их, вы сможете правильно скомпилировать гираф.