Файлы не просто случайно пропадают в экземпляре EC2. Я подозреваю, что что-то происходит, и вам нужно будет диагностировать это. Здесь недостаточно информации, чтобы помочь вам, но я могу попытаться направить вас в правильном направлении.
Несколько вещей, которые приходят на ум:
Что вы запускаете для выполнения команды ftp? Если он появляется через какое-то время, вы уверены, что он просто не выполняется, когда вы впервые проверяете его, а затем появляется, когда все готово? Вы уверены, что ничего не кэшируется?
Вы уверены, что ваш FTP-клиент подключен к нужному экземпляру?
Вы уверены, что нет задач cron или внешних сущностей, подключающихся к экземпляру и очищающих определенный каталог? Вы сказали что-то о сборке, это агент сборки, на котором вы выполняете это?
Я очень сомневаюсь, что это тот, но: над каким объемом вы работаете? EBS? Магазин экземпляров? Хранилище экземпляров эфемерно, поэтому остановка / запуск экземпляра может привести к потере данных.
Вы пытались использовать scp?
Если вы все еще в тупике, пожалуйста, предоставьте больше информации о вашей конфигурации ec2 и о том, как вы переносите файл.