Если вам нужны только CustomerGroup сущности со связанной сущностью Group (как я понимаю из вашего пояснения в разделе комментариев), неэффективно извлекать другие связанные сущности ( User и Заказчик ). Вы можете сделать так, чтобы EF выбирал только те объекты, которые вас интересуют, вот так:
var groups =
(
from user in _context.Users
from customerGroup in user.Customer.CustomerGroups
where user.Email == email
select customerGroup
).Include(cg => cg.Group);
Или когда CustomerGroup не хранит соответствующих данных, только отношения:
var groups =
(
from user in _context.Users
from customerGroup in user.Customer.CustomerGroups
where user.Email == email
select customerGroup.Group
);