Обновление
Эта версия была протестирована на PostgreSql 9.3 с использованием SQL Fiddle
UPDATE table1 a
SET sum = sub.point_count
FROM (SELECT a.start_lat, a.end_lat, a.start_lon, a.end_lon, COUNT(*) as point_count
FROM table1 a, table2 b
WHERE b.point_lat BETWEEN start_lat AND a.end_lat
AND b.point_lon BETWEEN a.start_lon AND a.end_lon
GROUP BY a.start_lat, a.end_lat, a.start_lon, a.end_lon) as sub
WHERE a.start_lat = sub.start_lat
AND a.end_lat = sub.end_lat
AND a.start_lon = sub.start_lon
AND a.end_lon = sub.end_lon;
Оригинальный ответ
Вот мое решение, оно протестировано на MySQL, но в этом коде нет ничего конкретного, поэтому оно должно работать и на PostgreSql
UPDATE table1 a,
(SELECT a.start_lat, a.end_lat, a.start_lon, a.end_lon, COUNT(*) as count
FROM table1 a, table2 b
WHERE b.point_lat BETWEEN start_lat AND a.end_lat
AND b.point_lon BETWEEN a.start_lon AND a.end_lon
GROUP BY a.start_lat, a.end_lat, a.start_lon, a.end_lon) as sub
SET sum = count
WHERE a.start_lat = sub.start_lat
AND a.end_lat = sub.end_lat
AND a.start_lon = sub.start_lon
AND a.end_lon = sub.end_lon
Обратите внимание, что этот запрос был бы намного короче, если бы table1 содержал столбец PK Id.