zlib не найден при установке ShortRead - PullRequest
Новая
       19

zlib не найден при установке ShortRead

0 голосов
/ 25 июня 2018

Я использую R (3.4.3), установленную через Anaconda (версия 5.2). Я уже установил zlib с помощью conda. Но при попытке установить пакет Bioconductor R: «ShortRead» я получаю эту ошибку: 

checking for gzeof in -lz... no
configure: error: zlib not found
ERROR: configuration failed for package ‘ShortRead’

Я пытался установить внутри R, используя Bioconductor biocLite и install.packages, но не повезло!

Я также пытался установить напрямую из conda: 

conda install -c bioconda bioconductor-shortread 
Solving environment: failed
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - bioconductor-shortread
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

Похоже, этот пакет недоступен для R 3.4.3 от conda.

Я также вручную загрузил пакет zlib. После компиляции я попытался установить, экспортировав мой путь к библиотеке LD в папку lib zlib: 

export LD_LIBRARY_PATH=/pathtozlib/zlib/lib

Это тоже не помогло. Любая помощь будет оценена!

P.S. У меня нет привилегий root на компьютере, на котором я работаю.

Я нашел других людей, сталкивающихся с этой проблемой: https://support.bioconductor.org/p/108808/. Они предполагают, что это может быть проблемой с библиотекой conda.

Спасибо

Ответы [ 3 ]

0 голосов
/ 05 марта 2019

Я считаю, что проблема заключается в конфигурации autotools в r-base>3.4.1b2, но я не компетентен, чтобы это исправить.Плюсом является то, что, хотя configure не может найти zlib во время предварительной установки, zlib фактически присутствует в любой среде Conda с r-base и может быть связано во время фактической установки.Я подал проблему в Conda-Forge , но до тех пор, пока проблема не была решена в r-base, я делал форк ShortRead, который пропускает проверку.У меня это работает с r-base=3.5.1.

tldr: remotes::install_github("brendanf/ShortRead")

0 голосов
/ 03 августа 2019

Если вы используете алгоритм глубокого обучения, в котором используется opencv, и если вы получаете zlib, не найденный во время установки всех зависимостей, не паникуйте.У меня была такая же проблема. Могут быть следующие причины:

  1. Если вы установили IDE, такую ​​как anaconde, ваша версия pip будет автоматически установлена ​​на 3.4.2, а в этой версии zlib.h имеетпроблема, поэтому он выдаст ошибку. Поэтому предпочтительнее создать виртуальную среду и попробовать установить последнюю версию pip, а если этого не происходит, удалить anaconda и использовать jupyter from pip {с последней версией pip}.
  2. Есливаша версия в пипсах не обновляется, обновите ее до последней версии.
0 голосов
/ 26 июня 2018

У меня была такая же ошибка за последнюю неделю.Я попробовал все, что было упомянуто в отношении библиотеки zlib в Интернете.Я не мог исправить это должным образом.У меня установлен zlib, как при запуске: pkg-config zlib --libs;В качестве вывода я получаю: -lz $ pkg-config zlib --libs -lz

Я использую conda (v4.5.4).R версия 3.4.3 и R в качестве среды conda.Я думаю, что проблема с несколькими библиотеками zlib (база Ubuntu и Конда).

Каким-то образом я заставил это работать.Что я сделал, так это установил R в оболочку ubuntu (т.е. вне conda) и установил там библиотеку ShortRead.Не было никакого конфликта / ошибки с zlib.После этого я добавил основные каталоги Rlib в libPaths в conda.

$.libPaths(c('/home/aridaman/.conda/envs/rstudio/lib/R/library','/usr/local/lib/R/site-library/','/usr/lib/R/site-library','/usr/lib/R/site-library'))

Это не идеально, но как-то сработало для меня.Я был бы рад иметь лучшее решение на основе conda.

...