Как вы предоставляете jupyter-notebook-config.py для ноутбука в образе докера, созданного с помощью repo2docker?
Я попытался создать как ./jupyter-notebook-config.py, так и ./.jupyter/jupyter-notebook-config.py в верхней части моего репо, но настройки в нем, похоже, не влияют на изображения, запущенные из репо с repo2docker.