Хранимые процедуры не могут выполняться между разделами.
Они относятся к конкретным разделам, поэтому вы не сможете запрашивать все в хранимой процедуре, если ваша коллекция разбита на разделы.
Из документации:
"Если коллекция, для которой зарегистрирована хранимая процедура, является коллекцией с одним разделом, то транзакция распространяется на все документы в коллекции. Если коллекция секционирована, то в транзакции выполняются хранимые процедуры.область действия одного ключа раздела. Каждое выполнение хранимой процедуры должно включать значение ключа раздела, соответствующее области действия, в которой должна выполняться транзакция. "
Подробнее о хранимых процедурах здесь